Rajapaksa wurde am 18. November 1945 in Weerakatiya im ländlichen Distrikt Hambantota im Süden des Landes geboren. Er entstammt einer bekannten sri-lankischen Politikerfamilie. Sein Vater Don Alwin Rajapaksa, ein prominenter Politiker und Agitator für die Unabhängigkeit, war Mitglied des Parlaments. D.M. Rajapaksa, sein Onkel, war Staatsrat für Hambantota in den dreißiger Jahren. Er war es, der begann den erdbraunen Schal zu tragen, der Kurakkan (Fingerhirse), eine damals von den Bewohnern der südöstlichen Küste kultivierten typischen Pflanze, symbolisieren soll. Ausdrücken wollte er damit seine Verbundenheit mit den Anliegen der von ihm vertretenen Bevölkerung des Distriktes Hambantota. Diesen Familienbrauch hat Pajapaksa von seinem Onkel übernommen und aus diesem Grund trägt er den für ihn charakteristischen Schal.

Seine Ausbildung begann Rajapaksa am Richmond College in Galle, bevor er an das Nalanda College in Colombo und später an das Thurstan College wechselte. Während dieser Zeit trat Rajapaksa in Nebenrollen in diversen singhalesischen Kinofilmen auf.

Sein Berufsweg begann wenig spektakulär als Bibliotheksassistent an der damaligen Vidyodaya Universität (heute University of Sri Jayawardanapura). Er arbeitete aber auch als Toilettenreiniger in der Bibliothek, bevor er 1970 als Abgeordneter der Sri Lanka Freedom Party (SLFP) für Beliatta im Distrikt Hambantota in das Parlament gewählt wurde. Bereits sein Vater hatte diesen Parlamentssitz in der Zeit von 1947 bis 1965 inne. Mit 24 Jahren war Rajapaksa zu dieser Zeit der jüngste Abgeordnete im Parlament. Seine damalige Kandidatur wurde von der United Corporations und der Mercantile Union unterstützt, deren Vorsitzender er für den Bereich der Vidyodaya University war.

Schon bald nach seinem Studum der Rechte am Sri Lanka Law College praktizierte Rajapaksa als Anwalt im Bezirk Hambantota und Matara mit dem Spezialgebiet Menschenrechte. Während seiner gesamten parlamentarischen Karriere, ausgenommen die Zeit von 1994 bis 2000 als er Minister war, praktizierte Rajapaksa als Anwalt mit Kanzlei in Tangalle.

1977 verlor Rajapaksa nach einer erdrutschartigen Niederlage seiner Partei SLFP bei den Wahlen seinen Sitz im Parlament. Während einer Nachwahl im Wahlbezirk Mulkirigala für den Hambantota Distrikt, zu der sein Bruder Chamal Rajapaksa für die SLFP antrat wurde Mahinda Rajapaksa von der damals UNP-dominierten Regierung in Untersuchungshaft genommen. Der Vorwurf lautete auf unerlaubten Waffenbesitz. Aus Mangel an Beweisen wurde Rajapaksa freigesprochen.

Seit dem Beginn seiner politischen Karriere vertritt Rajapaksa eine Mitte-Links Haltung und identifiziert sich mit den Rechten der Arbeiter.

1980 wurde Rajapaksa Präsident des sri-lankischen Kommitees für die Solidarität mit Palästina. Bis heute setzt er sich für eine friedliche Lösung des Konfliktes im Nahen Osten und einen souveränen Palästinenserstaat ein.

1989 wurde Rajapaksa mit Hilfe des Verhältniswahlrechts erneut als Abgeordneter des Distrikts Hambantota in das Parlament gewählt. Prominent als politischer Führer wurde er durch seine Zusammenarbeit mit Manorani Saravanamuttu von der Mother's Front in der sich die Mütter von Opfern des sogen. "weissen Terrors" in der Zeit zwischen 1988 und 1990 organisierten. Damals verbreitete eine Gruppe, die sich selbst Deshapremi Jathika Vyaparaya oder Patriotic National Movement nannten Angst und Schrecken unter der Bevölkerung. In Anerkennung seiner Arbeit für die Menschenrechtsorganisation verlieh ihm die Visva Bharati University of Calcutta in Indien den Ehrentitel Professor Emeritus

In den frühen Neunzigern wurde Rajapaksa in das Zentralkommitee der Sri Lanka Freedom Party (SLFP) gewählt. Damals organisierte er den Pada Yatra Marsch von Colombo nach Kataragama und führte ihn an, um gegen die United National Party (UNP) zu protestieren, die er für seinen temporären Niedergang verantwortlich machte.

Nach dem Wahlsieg der People's Alliance einer Koalition unter der Führung der SLFP wurde Rajapaksa von der damaligen Präsidentin Chandrika Kumaratunga als Arbeitsminister in die Regierung berufen. Diesen Posten hatte er bis zur einer Kabinettsumbildung im Jahre 1997 inne, bevor er in das Ressort Fischerei und Meeresressourcen wechselte.

Während seiner Amtszeit als Arbeitsminister erlitten seine Pläne einen herben Rückschlag als die Präsidentin Kumaratunga die Verwirklichung seiner Pläne zu einer "Worker's Charta" stoppte. Die von ihm entworfene und dem Parlament vorgestellte Charta sah die Einführung von Rechten für Gewerkschaften, eine nationale Lohnkommission, eine Sozialversicherung, Ausbildung im Rahmen der Gewerkschaften und Schlichtungsstellen für Arbeitskonflikte vor.

Im folgenden einige Projekte die in Rajapaksa's Amtszeit als Minister verwirklicht wurden:

• Wohnungsbauprogramm für Fischer und ihre Familien unter dem Namen "Diyawara Gammana"
• Universität für Ozeanografie, bekannt unter dem Namen "Sagara Vishwavidyalaya"
• Spezielle Kreditpläne für Fischer, bekannt als “Idiwara Banks”
• Gründung einer Küstenwache, um illegales Fischen zu unterbinden und zum Schutz der Küsten
• Anschaffung von Kommunikationssystemen für die Fischerei zur Effizienzsteigerung
• Zusätzlich zum Fischereiministerium war er für drei Monate verantwortlich für Häfen und Schifffahrt. in diese Zeit fielen erste Schritte für den Bau des neuen Tiefseehafens in Hambantota

Als die UNP die Volksallianz (People's Alliance) mit den Wahlen im Jahr 2001 ablöste, verlor auch Rajapaksa sein Regierungsamt. Dafür wurde er im März 2002 zum Führer der Opposition im Parlament bestellt.

Nach den Parlamentswahlen des Jahres 2004 in der die United People's Freedom Alliance siegreich war, gab es zwischen Rajapaksa, dem früheren Außenminister Lakshman Kadirgamar und Anura Bandaranaike, dem Bruder von Präsidentin Chandrika Kumaratunga und früheren Oppositionsführer um den Posten des Premierministers. Von vielen wurde erwartet, dass Präsidentin Kumaratungs  ihren engen Berater und ehemaligen Minister Kadirgamar mit der Regierungsbildung beauftragen würde doch nicht zuletzt durch massiven Druck der Unterstützer ländlicher Parteien musste Sie stattdessen Rajapaksa zum Premierminister ernennen. Rajapaksa wurde am 06. April 2004 als 13. Premierminister vereidigt.

Während seiner Zeit als Premierminster stand Rajapaksa gleichzeitig dem Ministerien für Highways vor. Meilensteine seiner Amtszeit waren

• das "Maga Neguma"- Projekt zum Bau von Land- und Stadtstraßen und die dafür bereitgestellten finanziellen Mittel für die lokalen Verwaltungen
• Entwicklung und Planung von Hochstraßen zur Verkehrsentlastung im Bereich des Zentrums von Colombo

Als Premierminister war Rajapaksa ebenfalls für die "Information and Communication Technology Agency" zuständig. Im Rahmen dieser Funktion wurden geplant und durchgeführt:

• Wiederbelebung der "Information and Communication Technology Agency (ICTA) of Sri Lanka"
• das "Nanasala"-Projekt, in dem Informationstechnologien und Computerkenntnisse im Rahmen von lokalen Kompetenzzentren an die ländliche und vorstädtische Bevölkerung vermittelt werden sollte

Nach ständigen politischen Scharmützeln wurde Rajapaksa als Präsidentschaftskandidat der Sri Lanka Freedom Party (SLFP) gewählt und schlug dabei Anura Bandaranaike, den Bruder der amtierenden Präsidentin Chandrika Kumaratunga aus dem Rennen. Am 17. November 2005 schlug Rajapksa bei der Präsidentschaftswahl den Oppositionsführer und früheren Premierminister Ranil Wickremasinghe (UNP) denkbar knapp mit 190.000 Stimmen Vorsprung. Sein neues Amt als 5. Präsident der Demokratischen Sozialistischen Republik Sri Lanka trat Mahinda Rajapaksa am 19. November 2005 an. Seinen Sieg hatte Rajapaksa hauptsächlich den Massen der singhalesischen Buddhisten im Süden des Landes zu verdanken. Selbst im tamilischen Nordosten erreichte Rajapaksa, trotz des Boykottaufrufes der LTTE, dass 50,3% der Wahlberechtigten ihm ihre Stimme gaben.

Nachdem er zum Präsidenten ernannt und vereidigt war bildete Rajapaksa das Kabinett um und übernahm selbst die Ministerien für Verteidigung, Finanzen und Planung. Das neue Kabinett wurde am 23. November 2005 vereidigt.

Anders als einigen Mitgliedern der von ihm geführten Koalition unterstellt man Rajapaksa einen Willen weitere Friedensgespräche mit der LTTE zu unterstützen und so zu einer Einigung mit den tamilischen Separatisten zu kommen, die dem Land endlich einen dauerhaften Frieden beschert.

Wie auch immer, unmittelbar auf seinen Wahlsieg folgte eine Serie von Minenexplosionen im Norden des Landes die man der LTTE zuschrieb und die mehr als 150 Regierungssoldaten das Leben kosteten. Fortan befand sich das Land wieder im Bürgerkrieg. Nachdem die LTTE das Wasserreservoir des "Mavil Aru"-Projektes, dass 15.000 Menschen mit Trinkwasser versorgt und in einem Gebiet liegt, das von der Regierung kontrolliert wird blockierte, startete das Militär eine Offensive und stellte die Versorgung wieder her. Weiter militärische Aktionen konnten die LTTE nahezu aus allen Teilen der Ostprovinz vertreiben. Das verstärkte militärische Engagement  führten im Jahr 2007 zu einem Anstieg der Verteidigungslasten von 40%.